Керівник Конкурсу-захисту науково-дослідницьких робіт МАН (далі — конкурсу) є Міністерство освіти і науки України (далі — МОН), яке контролює дотримання правил проведення.
Організатор і координатор ІІІ етапу конкурсу — Національний центр «Мала академія наук України» (далі — НЦ «МАНУ»).
Організацію та проведення I-II етапів конкурсу здійснюють органи управління у сфері освіти в регіонах.
У правових відносинах, пов’язаних із захистом та опрацюванням персональних даних учасників конкурсу, дотримуються вимог Закону України «Про захист персональних даних».