Керівником Всеукраїнських учнівських олімпіад є Міністерство освіти і науки. Відповідно до Наказу МОН України від 22.09.2011 № 1099 «Про затвердження Положення про Всеукраїнські учнівські олімпіади, турніри, конкурси з навчальних предметів, конкурси-захисти науково-дослідницьких робіт, олімпіади зі спеціальних дисциплін та конкурси фахової майстерності», організатором та координатором Всеукраїнських учнівських турнірів є Національний центр «Мала академія наук України» (далі - НЦ «МАНУ»), на який покладається організаційно-методичне забезпечення проведення відповідних змагань.

Для організації та проведення олімпіад МОН створюються організаційні комітети, призначаються координатори, експерти-консультанти, а для перевірки виконання завдань та оцінювання результатів - журі.

Для складання завдань олімпіад голови журі та координатори відповідних змагань формують предметно-методичні комісії, до яких входять фахівці відповідної галузі. Члени предметно-методичної комісії забезпечують науковий рівень змісту завдань та їх нерозголошеність до моменту оприлюднення. Надання підготовлених завдань будь-якій особі, яка не є членом предметно-методичної комісії, категорично забороняється.

На всіх етапах олімпіад комплекти завдань готуються окремо для кожного класу (курсу) та кожної професії.